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您好，根据你的情况，公司增值税专用发票的发票联和抵扣联丢失，应该按以下步骤做：
（一）1.到税务局办理挂失报备，接受处罚，处罚标准参考《市税务行政处罚裁量基准》。挂失报备需提供《发票挂失/损毁报告表》、经办人身份证明。2.销售方申请开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》。
（二）丢失增值税发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。增值税专用发票记账联复印件和《丢失增值税专用发票已报税证明单》留存备查。
189-1890-2875
